南门[南门，读音作nánmén(ㄋㄢˊㄇㄣˊ)]姓源出有三：
第一个渊源：源于子姓，出自商朝大臣南门蠕之后裔，属于以先祖名号或官职称谓为氏。
传说，在上古商王朝初期，君主成汤属下有位重臣叫南门蠕，在典籍《鬻子》中，就提到南门氏的始祖是南门蠕。
当年商汤王朝建立之初，汤王属下有七位名臣，分别是：庆辅、伊尹、湟里且、东门虚、南门蠕、西门疵、北门侧，其中的南门蠕就是这七位重要佐臣之一。
东门虚、南门蠕、西门疵、北门侧这四位大臣的职能，绝不仅仅是负责把守王城门郭那么简单，而很有可能是负责各个方向地域的方面军最高长官，否则，四个小小的守门将领不会被列为“重要佐臣”。因此，南门蠕应当被理解为负责商王朝整个南方地区的最高军政事务长官。
在南门蠕的后裔子孙中，有以先祖名号或官职称谓为姓氏者，称南门氏，是非常古老的姓氏之一，后多省文简改为单姓南氏、门氏，皆世代相传至今。
南门氏族人大多尊奉南门蠕为得姓始祖。
第二个渊源：源于官位，出自周朝时期守护城池南门之官吏，属于以官职称谓为氏。
著名的清朝姓氏学者张澍在其所撰著的《姓氏寻源》中说：“必居南门者以为氏，或启闭南门之官以为氏。”
意思就是指南门氏一族的先祖，必定是古代居住于城郭南门一带的住民，或是守卫城池南门的官吏及兵将，所以或以居邑名称为姓氏，或以官职称谓为姓氏，称南门氏。
后多因正南门即为午门，历朝历代帝王皆用以斩杀罪臣，称为血凶之门、具火相，大不吉，因此南门氏大都省文简改为单姓南氏、门氏，皆世代相传至今。
要注意的是，在唐朝学者杜佑所撰著的《通典·职官》中，再也不见“南门”这一官职称谓了，此后亦然。
第三个渊源：源于天象，出自古代天文官后裔，属于以天文星座名称为氏。
据史籍《史记·天官书》记载，天上南方有两颗大的星星叫南门星，在现代天文学中，分别指南部天穹的圆规星座和半人马星座中的两颗星，亦是距离地球最近的恒星。
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在中国古代神话传说中，南天门是天庭与下界的唯一通道，凡是仙、神、怪、鬼、魔、妖往来于天庭和地界，就必须经过南天门，而道、佛出入天庭则不受限制，可以从东、南、西、北各个天门出入。守护南天门的门神是天庭第一正神，叫“飞蓬”。如果人、兽、畜也能够奉玉皇大帝之诏进入南天门，即可成仙。
“南门”这个姓氏，很可能就起源于上古时期负责掌管、观测天文之官员的后代，是以南门星座名称为姓氏的，称南门氏，后多省文简改为单姓南氏、门氏，皆世代相传至今。
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